捷運新莊蘆洲線是否因樂生古蹟案而延宕22月？文建會認為，台北市捷運局捷運新莊蘆洲線延宕，歸咎樂生療養院是否指定為古蹟的說法，有誤導之嫌。

文建會說，文化資產之保存具有普世價值，也是文建會的核心業務，文建會依文化資產保存法將部分樂生院列為暫定古蹟，係對可能具有古蹟價值之建造物在未進入審查程序前所作的保護措施。而解決樂生院之爭議，首要關鍵在於地方政府應盡速召開審議委員會，完成古蹟指定審議程序，讓專業說話，相關權責機關應把握時間溝通協商解決，避免僵局持續，造成社會更大的損失。


文建會指出，報載台北市捷運局表示曾多次去函古蹟主管機關文建會請求協助，但文建會迄今沒有明確答覆，實際上台北市政府函報文建會正本公文只有3月1日一次，要求文建會協調指定樂生案之地方主管機關，文建會業已依文資法第5條函請桃園縣和臺北縣政府辦理。

文建會強調，其實捷運新蘆線工程早有延宕，且據台北市政府報行政院公文說明，捷運新莊機廠工程因受樂生院新院舍工程延誤、部分院民拒絕搬遷及現有建物文化資產保存爭議等影響，自93年7月15日即已部分停工迄今，何況文建會在94年12月12日才依法將樂生療養院區核列為暫定古蹟，充分說明捷運新莊廠工程通車時程延宕之關鍵因素，並非文建會代行逕列暫定古蹟之故。

對於台北市捷運局局長常岐德答覆議會，誤認若因行政延誤導致捷運工程廠商求償，文建會須負起賠償之說，文建會亦認為，實有誤導視聽之嫌。因為，按內政部95年4月19日函復，代行處理事項所應支出之相關費用，應由被代行處理之機關負擔。